學校前身為創(chuàng)建于1909年7月的晚清郵傳部上海高等實業(yè)學堂船政科，開創(chuàng)了中國高等航海教育的先河。歷經(jīng)郵傳部高等商船學堂、吳淞商船學校、交通部吳淞商船專科學校、國立重慶商船專科學校、國立吳淞商船專科學校、上海航務(wù)學院等時期。1959年交通部組建上海海運學院，2004年經(jīng)教育部批準更名為上海海事大學。2008年上海海事大學主體搬遷臨港新城。學校原為交通運輸部直屬高校，2000年劃歸上海市管理。2008年，上海市人民政府與交通運輸部簽訂協(xié)議，共建上海海事大學。
截至2021年5月，學校有臨港校區(qū)（主校區(qū)）、港灣校區(qū)、民生路高恒大廈等3個校區(qū)，其中臨港校區(qū)占地面積133萬余平方米，總建筑面積60萬平方米；設(shè)有二級辦學部門，49個本科專業(yè)；有1個國家重點（培育）學科；設(shè)有3個博士后科研流動站，4個一級學科博士點，16個一級學科碩士學位授權(quán)點，13個碩士專業(yè)學位授權(quán)類別；有本科生16000余人，各類在校研究生7200余人，留學生近600名；有專任教師1300余名。