入選國家“中西部高校基礎(chǔ)能力建設(shè)工程”、安徽省第一批地方特色高水平大學(xué)和第一批綜合改革試點(diǎn)學(xué)校、國家“特色重點(diǎn)學(xué)科項(xiàng)目”建設(shè)高校、國家建設(shè)高水平大學(xué)公派研究生項(xiàng)目、國家級大學(xué)生創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)訓(xùn)練計(jì)劃、國家藥品臨床研究基地、中國政府獎學(xué)金來華留學(xué)生接收院校、教育部“卓越醫(yī)生教育培養(yǎng)計(jì)劃”試點(diǎn)高校，長三角醫(yī)學(xué)教育聯(lián)盟創(chuàng)始成員。
學(xué)校前身是1926年5月創(chuàng)辦的上海東南醫(yī)學(xué)院。1949年底，響應(yīng)中共中央華東局“面向農(nóng)村，走向內(nèi)地”的號召，東南醫(yī)學(xué)院內(nèi)遷安徽省，成為安徽省第一所高等醫(yī)科院校。1952年改名為安徽醫(yī)學(xué)院。1985年更名安徽醫(yī)科大學(xué)。